在「和平佔中」的討論中，有牧師強調政教分離的原則，認為教會若鼓勵信徒參與「佔中」，從神學的角度看，是偏離了教會的使命，從法律的角度看，違反了教會在政府註冊的身份，既不義也不合法。我們要問：政教分離的含義是甚麼？教會倡議公義是否就違反了政教分離的原則？
我對政教分離的解讀，是「政府和宗教團體這兩類機構應該獨立運作」。從政治理論的層面看，現代政府的合法性(legitimacy)是來自人民的授權，和神祗沒有關係，政府應按着民意的表達而上任和下台，世俗的政府不應要求宗教團體給予支持，彷彿為某一政權添上神聖的光環；而宗教團體作為一個民間的團體，應該和其它慈善團體平等，而不應去追求政府給予自己有特殊的優惠。
從神學的角度看，教會的使命是要建立和見證神的國度，神的國度不是世上的國度，教會為了避免身份的混淆和權力的引誘，不應積極尋求世上的政治權力，也不應成為某個政黨或政綱的倡議人。如果教會在服事他人的過程中，有時需要和政權交往（譬如教會要辦學，需向政府申請，並接受政府的規管），甚至得到政權的某種優待，也要謹慎自處，免得教會因成為了社會的既得利益者，就失去了追求公義的熱忱。
以上的是大原則，但如何應用在如「和平佔中」等的社會運動？首先，既然信徒有責任在地上實踐公義（包括政治生活中的公義），教會應該鼓勵信徒以他們具有的影響力，去促進利民和公義的政策，也可以為願意嘗試推動政治改革的信徒感恩和代禱，讓神保守他們的心懷意念，免得他們落入權力或自義等各種引誘。在社會中推行公義的方法有很多，教會不是一個政策智囊團，也不是某一種政網的倡議組織，所以就算一個地方教會的信徒群體，也可以跨越不同的政黨，教會的感恩和代禱也應該是跨越政見的。
其次，教會不應成為某一個政黨和政治運動的宣傳公具，教牧也不宜在講壇上直接鼓吹信徒參與「和平佔中」或任何個別的政治運動。另一方面，雖然聖經教導我們要為有權位的人禱告（提前2:1-3），但目的不是要為現任的政權護航，而是求社會能得到平安，如果現行的政權真的多行不義，那麼政權或政制的變更就可能是達致社會和平的最佳途徑，所以教會也不會否定政治改革的可能，更不用鼓勵信徒擁護現有的政權，如果教牧在講壇上鼓吹某種保守的政治選擇，同樣是偏離了政教分離的原則。教牧要強調的是神的主權、愛鄰舍和追求公義等大原則，對於會友是否要參與個別的政治運動，可讓信徒按着他們的良心和個人的使命作出抉擇。
政教分離的目的，不是要培育一批政治冷漠的信徒，也不是說信徒如要奉公守法，就不可以批評和反對現行的政權；政教分離的原則提醒信徒，政治生活不可以成為我們的偶像，在政治的光譜中，無論信徒是屬於保守派或是激進派，參政的目的不是為了個人（或個別組織）的權力，而是為了榮耀神和服事鄰舍，神的公義驅使我們追求地上的公義，但地上任何人或政黨的公義都是不完全的。
